深圳市精神衛生中心醫院始建于1980年，是深圳市衛生健康委直屬醫療衛生單位，深圳市唯一一家集預防、醫療、康復、科研、教學于一體的三級甲等精神病專科醫院。2007年醫院加掛深圳市精神衛生中心，同時承擔全市精神衛生防治和康復技術指導、流浪精神病人救治救助和精神病人強制醫療等社會綜合治理任務。2010年以來，醫院一直名列復旦大學醫院管理研究所“中國最佳專科排行榜精神專科醫院”前十位；榮膺2017年第五屆“全國文明單位”，在各類顧客體驗度和公眾滿意度測評中名列前茅；2018年、2019年在國家三級公立醫院績效考核中排名中分別位列精神病專科醫院全國第八、第五;2019年在中國醫院/中國醫學院校科技量值(STEM)排行榜排名精神專科全國第25名；2014年獲批“國家臨床藥物試驗基地”；2015年成為“國家精神心理疾病臨床醫學研究中心(北京大學第六醫院)深圳分中心”；2017年成為“國家精神心理疾病臨床醫學研究中心(湘雅二醫院)深圳分中心”。2016年獲批“深圳市博士后創新實踐基地”， 2019年醫院被認定為“廣東省高水平臨床重點專科(精神科)”；2020年入選深圳市高水平醫院(區域醫療中心)建設單位，并獲批“國家住院醫師規范化培訓基地”。醫院是深圳市精神疾病診療質量控制中心、深圳市精神心理疾病臨床醫學研究中心，嚴重精神障礙綜合管理、社會心理服務體系建設國家試點牽頭單位、新冠疫情防控深圳市“安心行動”項目具體負責單位。也是“粵港澳大灣區精神科醫師聯盟”主委單位。
醫院業務分為臨床服務、社區防治、科學研究三大系列，開放床位達到1330張。擁有3.0T MRI、80排CT、DR、rTMS等先進設備和生物樣本庫、精神影像研究中心、臨床技能模擬培訓中心等。截至2021年3月，全院在崗員工1189人，其中博士、碩士研究生231人，占比19.4%；高級職稱127人，占比10.7%；中級202人，占比16.9%；初級807人，占比67.9%。
醫院有坪山、羅湖兩個院區。坪山院區為精神及康復院區，占地9.6萬平方米，建筑面積13.4萬平方米，主要業務為重性精神障礙診療與康復，以及強制醫療和醫療救助等。羅湖院區為心理院區，占地面積1.6萬平方米，業務用房面積3.5萬平方米。主要業務為輕性精神障礙診療與康復，市民心理健康促進中心、心理危機干預中心、心理咨詢與心理治療中心等均設在該院區。
醫院是廣東省住院醫師規范化培訓協同單位(精神科)、廣東省普通高等醫學院校教學醫院，是安徽醫科大學深圳精神衛生臨床學院、深圳大學精神衛生學院、濟寧醫學院深圳精神衛生臨床學院，正在推進“南方科技大學附屬精神衛生中心”建設工作。臨床心理科、兒少精神科、雙相情感障礙科和精神衛生疾病防治為深圳市醫學重點學科。擁有深圳市腦神經發育障礙康復技術工程實驗室等7大研究平臺。自2016起，連續舉辦4屆《中國精神衛生領袖峰會》，集聚國內外精神衛生領軍人物引領業界思潮、發布學術先聲，影響遍及海內外。胡赤怡博士兩度入選“全球高被引科學家”，成為全國精神病學/心理學界唯一入選的專家。目前309人次在國家、省、市級學會/協會委員會任職，其中國家級54人次，省級83人次，市級172人次。
醫院與北大六院陸林教授團隊、上海市精神衛生中心方貽儒教授團隊、墨爾本大學Ian Everall教授團隊、美國哈佛大學醫學院附屬波士頓兒童醫院兒少精神科Myron Lowell Belfer教授團隊、倫敦國王學院Robin Mac Gregor Murray院士團隊和上海交通大學醫學院附屬精神衛生中心李華芳教授精神康復與物理治療團隊等深入合作，不斷提升醫、教、研、防水平。分別與北京大學第六醫院、中南大學湘雅二醫院共建“國家精神心理疾病臨床醫學研究中心北京大學第六醫院深圳分中心”和“國家精神心理疾病臨床醫學研究中心中南大學湘雅二院深圳分中心”，與四川省精神衛生中心合作建設“《四川精神衛生》雜志深圳工作站”，與美國紐約大學社工學院聯合舉辦精神衛生醫務社工培訓，與加拿大多倫多大學聯合開展主動式社區治療ACT項目，與美國羅徹斯特大學聯合開展自殺預防與干預相關研究。
醫院堅持以“打造中國最雅致的學術性研究型精神衛生中心”為愿景，以“守護深圳人內心的安寧”為使命，恪守“精業守誠、厚德致和”的院訓。“十四五”時期，醫院將深入貫徹習近平總書記在深圳經濟特區建立40周年慶祝大會和視察廣東、深圳重要講話和重要指示精神，貫徹落實黨的十九屆五中全會精神，堅持以人民為中心的發展思想，搶抓“社會主義先行示范區”和“粵港澳大灣區”的歷史機遇，以建設高水平精神專科醫院，爭創國家精神區域醫療中心為目標，立足全面促進深圳市精神衛生高質量發展的高起點，繼續堅持“五位一體”(心理院區+精神院區+研究所+防保所+綜合門診部)的發展戰略，對標最高、最好、最優，打造精神衛生“深圳樣板”，為中國精神衛生服務提供“深圳范例”。
