北京市第二中學分校是北京二中的初中部，于1998年正式掛牌。二中分校與五中分校同時成立，始終在扮演追趕者的角色。2017年中考二中分校有28人總分高于570分，占東城區該分段全區總人數的39%；77人總分高于564分，占該分段全區總人數的30%，二中分校在高分位的造星能力不遜于五中分校。二中分校的數學成績優秀率為71%，比五中分校高6%，其余各學科和總分優秀率均與五中分校難分伯仲。二中分校的差距在于成績離散化程度高，高分位學生數量雖多，但總分高于500的人數比例比五中分校低了3%，這與兩校的教學理關系密切，五中分校半軍事化管理，二中分校則相對自由。

二中分校教師團隊實力在東城區非常強大。目前學校教職工總人數為190多名，擁有30多名高級教師、40多名一級教師，市級、區級骨干教師人數超過20人。此外，朝氣、活力逐漸成為二中分校老師們的標簽，一線教師中35歲以下的青年占比接近70%。年輕并不代表缺乏實力，在某次市級初中教師基本功競賽中，二中分校有六名教師代表東城區參賽，其中五人都獲得一等獎。

二中分校會進行兩次分班、一次分層。最近幾年新初一的分班考試會選拔出2個實驗班，試卷難度不算太高，但題量非常大，甚至有學生在規定時間內無法完成語文閱讀題。第二次分班是專門針對中考，學校會再度篩選出2個實驗班掐尖教學。此外二中分校也有2+4學制的直升班——“航班”。與十一學校不同，航班選拔階段是在初三，所有學生自愿報考，入選者將免除中考備考煩惱直升二中高中部。分層教學始于初二下學期，意在因材施教，早為初三備考做準備。

二中分校的分班、分層教學看似驚心動魄，其實學生壓力不會太大。二中分校的作業量會逐年增加，初一、初二非常輕松，步入初三則風氣突變，壓力驟增，其實初二下學期的分層教學就有些鋪墊作用，意在提醒學生收心——初三快要來了。二中分校校園設施精良，2017校方斥重資翻新了報告廳的網絡、空調、影音設備，學生們可以期待更為精致的講座活動。

此外，二分經常組織學生參觀博物館，并會定期舉辦定向越野等戶外運動，動手能力強的小朋友也可關注機器人社團，二中分校學生擁有豐富多彩的課余活動。

二中分校是五中分校的老對手，雖然在中考較量中二中分校屢屢落敗，但兩校教學質量其實相近，高分位造星能力也不相上下。二中分校有相對輕松的校園生活，作業量小于五中分校，短版之處或許在于師資水平存在波動，二中分校曾在5年內招聘30名應屆畢業生，學歷雖高，但資歷尚淺，不經幾年歷練很難發揮出應有水平，好在初二有分層、初三有二次分班，逆襲的機會不止一次。