南京書店大部分都是本土品牌，引進的外來書店不多。在這其中，先鋒書店作為南京不可或缺的名片，扮演著舉足輕重的角色。

即使放眼于全國，先鋒書店也是書店中的典型及代表，是文化產業中的一大力作。從誕生至今，先鋒書店榮獲無數美譽或獎項，2015年被英國衛報評委“全球十二家最美書店”，2016年被美國《國家地理》評選為全球十大書店，是亞洲唯一入選的書店。

先鋒書店在南京開設多家門店，每家店鋪都各具特色。先鋒書店·新生活書局開設在南京博物院民國館地下二層，書店主要販售民國專題圖書與民國復古文創產品；先鋒書店·潤澤書局是一家校園書店，是學生自習的好去處；先鋒書店·駿惠書屋坐落在老門東的一幢徽派建筑內，裝修風格極具古色古韻；作為旗艦店的先鋒書店五臺山總店更是南京的文化地標，無論是書店體量還是藏書量都高出其它分店一籌，也最為推薦。

五臺山店于2004年開始面向大眾，是先鋒書店目前開業最早的門店。書店由地下車庫改造而成，店內的裝修設計充分體現了先鋒書店的特質：入口的“沉思者”雕塑、寫著“大地上的異鄉者”標語的十字架、墻壁兩側掛滿名作家的黑白照片。

書店總面積為3680平米，店內分區明確，清晰劃分了圖書區、活動區、文創區、咖啡區等多個區域。書店共藏書30余萬冊，各類型圖書齊全。先鋒書店的圖書分類標準不一，部分圖書以出版社作為分類依據。書店設有多個出版社的陳列臺，其中既包括中華書局、商務印書館、三聯書店這類經典出版社，也包括廣西師范大學出版社、新星出版社、后浪圖書等人氣出版社。此外，先鋒書店還會根據圖書種類的不同而自定義主題陳列臺，如攝影類圖書的主題為“獵像者”，電影類圖書的主題為“雕刻時光”，建筑類圖書的主題則叫做“空間的詩學”，無論是命名還是分類都十分有趣。

在選書方面，先鋒書店則兼顧暢銷性與小眾性兩大特點。暢銷圖書大多數擺放在入口處的顯眼位置，以文學類圖書為主，其它如語言學、歷史、神學等類型的圖書多為研究型著作，相對冷僻。先鋒書店還出售盲選圖書，為購書過程增加了趣味性。盲選圖書售價為98元，內中含有兩到三冊圖書、隨機明信片、藏書票及創始人書簽。

論線下活動之豐富程度，先鋒書店也是南京所有書店中的佼佼者。先鋒書店每周固定舉行一期讀書會，為先鋒會員提供一個閱讀分享、交流的平臺。書店不定期開展作家見面會，目前已邀請過北島、余秀華、阿多尼斯、遲子建、白先勇等名人作家親臨現場與讀者交流。除以上所說，先鋒書店還會開展其它豐富活動，如演員見面會、音樂劇分享會、新書分享會、簽售會等，形式多樣。

文創產品區與圖書區以明信片制成的網格墻為隔斷。先鋒書店的文創產品多為書店原創自制，包括筆記本、明信片、帆布袋、擺件、積木、香水等，此外書店還出售少量南京特產，雜而不精，作為精神符號的作用超過物品本身。美中不足的是書店人流量較高，環境擁擠、喧鬧，閱讀體驗不佳。