深圳不少小學的小升初喜報中，往往會將學生升入深圳中學初中部3+2、3+3班的數據單獨列出，足見其初中部的實力。

深圳中學初中部原名為洪湖中學，建于1985年7月，是羅湖區一所普通完全中學，1996年通過了市教育督導室市一級學校評估。1998年7月，洪湖中學與深圳中學合并，改名為深圳中學初中部（以下簡稱“深中”）。另外，由于學校的校樹及校歌為“鳳凰木”，坊間也多以“鳳凰木”來指代深中。

深中的中考成績向來不錯，2012年至2016年四大錄取人數在150~210人之間，四大率維持在23%~36%的水平。據主流民辦教育機構的數據，深中2017年中招錄取人數為448人，四大錄取134人，四大率29.91%；八大錄取177人，八大率39.51%，排名全市第四；十大錄取185人，十大率41.29%，排名全市第六；公辦錄取人數是347人，公辦普高率77.46%。

學校位于羅湖區貝麗南路，占地面積26602平方米，校園內除教學樓、辦公樓、實驗樓，還設有一個小花園，環境優美。學校的運動場所包括300米跑道、籃球場、羽毛球場、排球場及乒乓球場等，另有食堂、書屋和便利店。校園外的醫院、超市、銀行、飲食店等也十分齊全。不過由于深中初中部建校時間較長，其樓房顯得比較老舊。

2017年，深中招收地段生班6個，特長生班2個，3+2班和3+3班各4個，其中新增一個“博雅班”，與特長生及地段生編入一個特長生班。“博雅班”錄取標準為學校組織的小升初選拔考試中語文滿分，該班的培養注重文科，但2018年是否繼續開設還沒有準確答案。

深中的3+2班和3+3班常被人拿來對比。3+2班在高中部上課，注重競賽，數學采用學校自編教材，難度大，整體課程進度最快，學生在高二時就能參加高考。3+2班的課程也稍多，除了數學注重競賽，語文注重閱讀和寫作，英語還拓展口語，聘請外籍教師任課。同時該班的作業量大，學習壓力不小，班里女生人數極少。不過3+2班的班級管理相對寬松，意在培養學生的自覺性。3+2班的學生同樣需要參加中考，如果成績不理想，高中時可以留在深中但要轉到其它班級。有意進入3+2班的學生可在學校官網投遞簡歷，另外，獲得華附錄取資格的學生也有機會被3+2點招錄取。

3+3班可視作初中部的超常班，在初中部上課，數學課與3+2班采用同樣的學校自編教材，整體課程進度比3+2慢但比普通班快。課程設置上，3+3的拓展不如3+2多，不過語文和英語仍補充了其它教材，如語文的演講及英語的口語等。3+3的作業量同樣很多，學生時常到晚上12點才能完成。并且該班以中考為目標，在管理上相對嚴格。3+3班的學生如果成績突出，可通過考試進入3+2班。

除了以上兩個班級，深中的其他班學習壓力同樣不小，平時的作業至少需要兩小時完成，并且學生在校外報名各類輔導班成風。2016年及以前，學校在初一時就開設物理課，2017年初一的物理課則為選修，但由于報名學生眾多，需要參加考試后方可參加。學校每天下午4:40放學，放學后學生必須在操場跑步后才能回家。

雖然學習壓力大，但深中也有豐富多樣的社團，包括動漫社、籃球社、電影社等，學生還可以向相關老師申請創辦社團。同時學校也有在高中部舉辦的田徑運動會、十大歌手比賽、班級表演等活動，不過可惜的是某些活動初三學生不能參加。

位于初中部的3+3班和普通班采取走讀制，不安排住宿，中午可以回家也可以在學校用餐；位于高中部的3+2班則可以安排住宿，宿舍為8人間。兩校區的食堂均提供豐富的菜品，但味道方面學生表示“不咋地”。