育才三中相比育才二中起步較晚，于2003年9月創辦，2004年9月才開始獨立招生，同樣是深圳蛇口育才教育集團初中成員校，隸屬于南山區教育局。

學校的辦學成績呈逐步上升趨勢，四大率從2015年的6.25%升至2017年的10.48%，排名南山區第七，同時2014年深圳市中考狀元就出自育才三中。2017年，學校的八大錄取人數為144人，八大率30.19%，排名全市第九；十大錄取152人，十大率31.81%，排名全市第十四。育才二中、三中的辦學規模在南山區不小，在人數接近500人的學校里能取得如此成績實屬不易。

育才三中位于深圳灣畔，校園占地面積22345平方米，建筑面積14632平方米，綠化率達到50%，環境清幽，景色宜人。學校整體布局合理，設施完善，擁有先進的各科實驗室，寬敞明亮的音樂、形體教室；300米塑膠跑道、足球場、籃球場、排球場及多功能室內運動館等，為學生提供充足的課外活動場所。同時各教室內均安裝了閉路電視系統、智能廣播系統及空調。校外的周邊配套也相當齊全，出校門左轉過馬路就有許多小吃攤。

學校成立初期，從育才中學和育才二中抽調了部分骨干教師，同時招聘來自全國的優秀學科帶頭人、重點中學骨干教師及奧賽指導老師，另外還吸收了不少應屆師范院校畢業生，組成了一支有經驗又有朝氣的師資隊伍，截至2017年，全校共有專任教師126人。

新初一在入學時會有一次考試，學生稱之為期初考，學校按照考試的成績進行分班，其中有約兩個重點班，但校方不會明示。在教學上，育才三中與深圳實驗學校一樣實行AB班分層走班制，僅分層教學英語和數學兩科，不同的是，分層的依據是以每月月考成績作為標準。學校作業量適中，但考試不少，每個年級都有期初考、單元測試、月考、期中考、期末考等。下午放學后會有每周一次的陽光體育活動，運動強度稍大，跑步至少5圈，且校方嚴格管理，學生不能無故缺席。

育才三中的社團不少，包括射擊、羽毛球、乒乓球、排球、健美操社等，這些社團不定期舉辦活動，而不是空有外殼。但到了初三，學生就不能參加社團了。校本課是學生的選修課，僅在初一開設，一般有書法、生物以及各科目的培優班，其中最受歡迎的是“花樣面點”，學生可在課上手工制作、烘焙蛋糕。另外，校方每學期也會舉辦藝術節、體育節、跳蚤市場等活動充實學生的課外生活。

學校采取走讀制，學生中午可回家也可留在學校，午休時間不允許出教室，有專門的老師進行管理。學校食堂提供的菜式不少，每周不重樣，兩葷一素一湯約16元，味道尚可，另外食堂二樓安裝有空調。育才三中日常管理比較嚴格，比如早讀時書要立起來，停車不能壓黃線，在校內需要時刻佩戴校卡等。